Marlens erster Sohn Christian war mittlerweilen vier Jahre alt. Berta Laux hatte ihn in Herrsching (Bayern) wie ihren eigenen Sohn aufgezogen. Seine leibliche Mutter kannte Christian nur von ihren kurzen Besuchen. Im Herbst 1945 wurde für den Jungen die Frage der Staatsbürgerschaft aktuell und das Ehepaar Haushofer beschloss, den Buben zu sich nach Österreich zu holen. Er sollte zunächst bei den Grosseltern in Effertsbach bleiben. Für Christian musste dieser Wechsel aus der vertrauten Umgebung, wo er geliebt worden war, ein traumatisches Erlebnis gewesen sein. Denn in Effertsbach war er nicht willkommen, weil die sittenstrenge Maria Frauendorfer den "Fehltritt" ihrer Tochter nur schwer akzeptieren konnte. Der Junge wurde vor der Öffentlichkeit versteckt; dennoch vermochte Christian seinen Grosseltern ans Herz zu wachsen. Doch der vollkommenen Geborgenheit seiner ersten Jahre trauerte der Junge vergeblich nach.
Marlen und Manfred Haushofer waren inzwischen wieder nach Graz zurückgezogen, nachdem die Briten die Verwaltung des Bezirkes übernommen hatten. Hier begann Manfred seine zahnärztliche Fachausbildung. Die Wiedersehen mit Sohn Christian bargen grosse Probleme, denn zwischen den beiden Söhnen Christian und Manfred jun. kam es zur Eifersucht. Christian verriet man nicht, dass Manfred sen. nicht sein leiblicher Vater war, und gab ihm an, er sei aufgrund den Kriegswirren in Bayern aufgewachsen. Dem vermeintlichen Vater Manfred seinerseits fiel es schwer, Christian als Sohn anzunehmen. So gab er ihm wohl 1947 seinen Namen, doch zu einer Adoption kam es nie. Die Distanz zwischen den Beiden blieb stets spürbar, und erst nach dem Tode Marlen Haushofers erfuhr Christian von seiner wahren Herkunft.
1946 lebten Marlen, ihr Ehemann und der kleine Manfred wieder zu Dritt in Graz. Die Entbehrungen der Nachkriegszeit und die Verantwortung ihrem erst drei Jahre alten Sohn gegenüber hielten Marlen davon ab, ihr Studium weiterzuführen und ihre Doktorarbeit, die auf der Flucht aus Graz verloren gegangen war, neu zu beginnen. Dafür begann sie ernsthaft zu schreiben.
Im September 1946 nahm sie an einem Dichterwettbewerb des Linzer Volksblattes teil, das für die beste Kurzgeschichte, Skizze oder Erzählung einen Preis ausgeschrieben hatte. Zwar gewann Marlen mit der Kurzgeschichte
Die blutigen Tränen keine Auszeichnung, die Teilnahme führte aber zu Marlens vermutlich erster Veröffentlichung. Marlen Haushofer sagte über ihre literarischen Anfänge (Elisabeth Pablé, Begegnungen - Erfahrungen. Marlen Haushofer oder die sanfte Gewalt, in: Die Furche, Wien, 13.4.1968):
"Geschrieben hab' ich von meinem achten Jahr an bis zu meinem neunzehnten nur so für mich, Geschichten, Gedichte und sehr merkwürdige Romankapitel, die ich leider, wie so vieles aus dieser Zeit, verloren hab'. Während des Krieges dann keine Zeile. Erst 1946 hab' ich wieder angefangen, und diesmal mit der Absicht, meine Geschichten anzubieten."
Während die Autorin ihre ersten Geschichten zu Papier brachte, waren sie und ihr Mann dabei, sich eine bürgerliche Existenz aufzubauen. Manfred Haushofer fand nach Ende seiner Facharztausbildung im Jahre 1947 eine Stelle als ärztlicher Leiter des Zahnambulatoriums der Krankenkasse in Steyr. Zunächst wohnte er dort alleine und liess seine Familie erst aus Graz nachkommen, als eine grössere Dienstwohnung an der
Berggasse 5 zur Verfügung stand. Hier holten sie auch den kleinen Christian zu sich. Er sollte im Herbst in die Schule kommen, weshalb sein Nachname von Frauendorfer in Haushofer geändert wurde, um allfälligen Gerüchten vorzubeugen. Während die Familie nach aussen hin einen gefestigten Eindruck machte, entstanden zwischen Marlen und Manfred erste tiefgreifende Beziehungsprobleme. Die Streitereien der Eltern blieben auch den Kindern nicht verborgen. Marlen war der Auffassung, der Krieg habe Manfred verändert. Diese Meinung bringt sie später in "Die Wand" zum Ausdruck:
"Wenn ich an ihn denke, sage ich immer, der Georg. (Manfreds zweiter Vorname). Und er war ja wirklich arm. Nicht an Geld, denn solange er arm an Geld war habe ich nie gedacht der Georg. Er war so ein freundlicher junger Mann eigentlich lange noch ein Kind und dann haben sie ihn langsam ruiniert. Ich weiss nicht wer, aber es hat damit angefangen, dass er nach dem Krieg so verändert war. Es war noch immer sein Gesicht, seine Lippen, die Wimpern noch immer geschwungen wie bei einem Kind aber etwas hat angefangen in ihm zu fressen und zu bohren und er hat nie darüber gesprochen. Vielleicht hat er es selber nicht gewusst, was es war. Und zu mir und den Kindern war er unfreundlich und oft gereizt, denn er hat gewusst, dass er mir nichts mehr geben konnte. (...) oft war ich müde und unglücklich und böse aus Enttäuschung." Nahm Marlen ihrem Gatten etwa übel, dass er nicht Kind geblieben, sondern durch den Krieg zum Mann geworden war?
Je älter die Kinder werden, desto schwerer fiel Marlen Haushofer ihre Rolle in "das Treusorgende-Mutter-und-Gattin-Spiel". Sie fühlte sich deplatziert, war oft "traurig und leer". Ihre Funktion als ruhender Pol der Familie raubte ihr viel Energie, und ihre beiden Söhne machten es ihr nicht leichter. Sie gingen häufiger und verbissener aufeinander los, als dies unter Brüdern normal sein dürfte. Marlen musste die beiden nicht nur voreinander schützen, sondern auch vor ihrem Vater, der insbesondere Christian gegenüber allzu leicht in Rage geriet. Zudem hatte Christian in der Volksschule grosse Lernschwierigkeiten, was die Eltern nicht verstehen konnten. Warum erkannte die sonst so scharfsichtige Mutter nicht, dass diese Lernverweigerung eine Art Notwehr, Protest, ja sogar ein Hilferuf Christians war? Nach den wundervollen Jahren bei der geliebten Pflegemutter musste er das Leben bei den Haushofers als Verbannung empfunden haben. Der vermeintliche Vater lehnte ihn ab; die Mutter bevorzugte in auffälliger Weise den jüngeren Sohn - was selbst die Bekannten der Familie bemerkten. Ein weiterer Grund für die sich anbahnende Beziehungskrise dürfte auch die Tatsache gewesen sein, dass Manfred Haushofer als junger "Herr Doktor" anderen Frauen gegenüber nie abgeneigt war.
So flüchtete sich Marlen in ihre eigene Welt und suchte Anschluss an die literarische Szene in Wien. Hier war die Nachkriegsgeneration wild entschlossen, das während der kulturellen Geistesöde der Nazizeit Versäumte aufzuholen und Neues zu entdecken. Ein Pioniergeist machte sich auch unter den Literaten breit. Im Wien der Nachkriegszeit waren es einige Wenige, die sich bemühten, den vielfältigen Stimmen der Jungen Gehör zu verschaffen:
Hermann Hakel und
Hans Weigel als Beispiel. Hermann Hakel organisierte Leseabende, die auf die jungen Autoren aufmerksam machen sollten. Auch Marlen hatte davon gehört und sprach bei Hakel vor. Sie rezitierte aus ihrer Erzählung
Für eine vergessliche Zwillingsschwester, ein imaginärer Dialog, in dem die Erzählerin ihrer mondänen Zwillingsschwester die gemeinsamen Kindheitserlebnisse in Erinnerung ruft. Die Geschichte gefiel und wurde durch Hermann Hakel an die Wiener Arbeiter-Zeitung, ein sozialistisches Parteiorgan, vermittelt. Hakel gab zudem eine eigene Zeitschrift namens
Lynkeus heraus, welche sich vor allem der Dichtung der von den Nazis vertriebenen Autoren widmete. Hier erschienen von Marlen Haushofer 1949 die Erzählung
Das Morgenrot sowie
Der Staatsfeind. Auch wenn Hakels Leseabende meist von Freunden und Verwandten der Autoren besucht waren und den Literaten selber nicht zum Durchbruch verhalfen, so fühlten sich die Teilnehmenden dennoch ernst genommen und durch die Publikationen in ihrem Tun bestärkt. Zu Hermann Hakels Kreis gehörten unter anderem Ingeborg Bachmann, Gerhard Fritsch, Ilse Aichinger, Hertha Kräftner, Christine Busta, Andreas Okopenko, Friederike Mayröcker, Walter Toman und Reinhard Federmann. Später stiessen noch Elfriede Gerstl, Gerhard Amanshauser, Walter Buchebner und Hans Lebert dazu.